sábado, marzo 29, 2008

El PCR, los premios nóbel y los argumentos ad verecundiam

Si alguien me preguntara cual fué la tecnología que marcó el desarrollo de la biología molecular a finales de siglo pasado respondería sin pensar que fué el PCR. PCR es el acrónimo en inglés para la Reacción en Cadena de la Polimerasa (Polimerase Chain Reaction) que es una reacción in vitro de polimerización de ADN. El mecanismo es muy sencillo y nos permite obtener millones de copias de un fragmento específico de ADN. Para entender el proceso de amplificación recomiendo que lean el link de la wikipedia en español pero también les presento este video que es bastante bueno (subanle el volumen a la compu porque el audio está muy bajo):



Actualmente esta técnica ha sido refinada y expandida de tal forma que no solo podemos amplificar y aislar fragmentos de DNA sino que también podemos construir mutaciones (y cometer pecado mortal en el proceso), estudiar los patrones de expresión genética, identificar microorganismos y clasificarlos, hacer pruebas de paternidad y detectar genes que predisponen a enfermedades entre otros usos. Para que se den una idea hace 25 años cuando mi tutor era alumno de posgrado el aislamiento de un gen era una tésis de licenciatura, hoy en dia yo hago eso en 2 hrs. Gracias a esta técnica los alcances de cada trabajo se expandieron considerablemente y no creo que hoy exista un solo trabajo de biología molecular que no haga uso de esa tecnica.
El inventor de esta técnica fué un cientifico de la industria llamado Kary Mullis que trabajaba para la compañia Cetus. La historia de como inventó el PCR la pueden leer en su discurso de aceptacion del Premio Nobel, premio que por la importancia y el impacto de la tecnica sin duda se merecía. Sin embargo Kary Mullis también es famoso por ciertas posturas controvertidas. Un vistazo a su entrada en la wikipedia muestra que es partidario de la astrología y mas descepcionantemente de la corriente negacionista del VIH como causante del SIDA, . Incluso el Dr. Duesberg, el eje del movimiento negacionista, presume continuamente que el premio Nobel que inventó la técnica que se usa para calcular la carga viral es partidario de su corriente e incluso prologó su libro. Este caso es un ejemplo clásico del tema principal de esta entrada que son los argumentos ad verecundiam. Estos son aquellos cuyo único soporte radica en la importancia, respeto y fama del que lo expone o del que lo apoya y son usados continuamente en el caso de los laureados con el Nobel. Todos recordamos la polémica, sorpresa y desencanto tras los desafortunados comentarios del Dr. Watson. ¿Cómo un genió como él fué capaz de emitir juicios tan reprobables? ¿Cómo otro genio como Mullis es capaz de negar que el VIH es causante del SIDA? La respuesta es simple: no son genios! son científicos comunes y corrientes que tuvieron la visión y la claridad puntual de descubrir o inventar algo trascendente. Sin embargo eso no garantiza que absolutamente todo lo que emane de su boca va a salir con la misma certeza que sus trabajos premiados. Pongamos como ejemplo a Kary Mullis, yo definitivamente estaré eternamente agradecido por la técnica de PCR, me fascina diseñar PCRs mutagénicos (y cometer pecado mortal en el proceso) y lo uso para buscar clonaciones y ahorrarme dias de trabajo. Sin embargo si hacemos una busqueda en PubMed de los trabajos de Kari Mullis econtraremos esto. Ha participado en 17 artículos, el primero en 1971 y el último en 1995, hace 13 años que dejo de trabajar!. De esos solo uno trata sobre el SIDA y lo publica en una revista con índice de impacto 1.5 que es bastante bajo. Para colmo en 9 de los demas artículos ocupa un lugar de menor importancia en la lista de autores (los dos primeros autores generalmente son los que hicieron el trabajo y el último el jefe, esos tres son los lugares mas importantes) y en los que es primer autor o autor único el tema es el PCR. Por lo tanto el Dr. Kary Mullis no ha realizado investigación en VIH que le permita afirmar con autoridad científica que este no es el causante del SIDA. Incluso en el capítulo sobre el SIDA de su libro autobiográfico (y que los negacionistas citan como argumento) no da ninguna evidencia por la cual el PCR no pueda ser usado para calcular la carga viral (Sorry, está en Ingés). Kary Mullis solo basa sus argumentos en la ausencia de evidencia que lo convenza y las refuerza con su medallita de Nobel, la misma bajo la cuál se esconde Duesberg cada vez que menciona a Mullis.
Esta entrada no busca demeritar la credibilidad de Mullis para atacar la corriente negacionista, lo que busca es advertir que todo comentario de un científico debe ser cuestionado a pesar de que sea muy famoso. Toda afirmación que emita si no está acompañada de evidencia científica no es mas que una opinión como la eue cualquiera puede emitir y muchas de esas opiniones pueden ser errores garrafales o simples necedades. Kari Mullis inventó la técnica que revolucionó la biología molecular pero no tiene evidencia para negar los efectos del VIH en el cuerpo humano, James Watson determinó la estructura del DNA pero no sabe nada de la determinacion genética de la inteligencia humana. Creo que el problema es nuestra tendencia a generar heroes e ídolos, si un científico llega a los medios y se gana un premio automaticamente lo consideramos un genio y cualquier cosa que diga es verdad y ejemplo. Un razonamiento escéptico no acepta ninguna afirmación en ausencia de evidencias, ni siquiera de un premio Nobel, porque fuera de ese trabajo ue le dio notoriedad generalmente hay un hombre común y corriente que carga con defectos y virtudes.

Y como gran final el toque cómico-noñico de está entrada esta a cargo del video de la canción sobre el PCR (chiste babas que es probable que solo entendamos los moleculares):

miércoles, marzo 19, 2008

¿Quién quiere estudiar filosofía en la UNAM?

Ya se ha extendido ampliamente en la blogosfera el escandalo editorial que desató el analísta Carlos Mota con su desafortunado artículo en Milenio. Varios blogers se han encargado de responder muchos de los débiles argumentos del artículo e incluso han puesto en evidencia sus limitaciones lógicas. Sin embargo creo que todos han fallado en contestar la pregunta principal que se hace el Sr. Mota:

¿Quién quiere estudiar filosofía en la UNAM?

Releyendo el título se me hizo difícil que alguien sea capaz de responderlo. Cómo voy a saber yo que seres humanos tienen esa intención en la cabeza? Lo que si le podemos informar a Carlos es cuantas personas quieren estudiar filosofía en la UNAM:

Según la convocatoria al último examen de admisión que puede ser localizada fácilmente en internet el año pasado hubo 642 aspirantes para el sistema escolarizado y 238 para el sistema de universidad abierta (Hay que hacer enfasis en que estos números no incluyen las solicitudes que se hicieron por medio del pase reglamentado). Es así que tengo el gusto de informar a Carlos Mota que al menos 880 personas realizaron un esfuerzo activo para ocupar uno de los 86 lugares que existen por concurso de selección para estudiar filosofía en la UNAM. Caramba! podríamos armar una brigada completa de guerilleros!! Y eso que no hemos contado la matricula completa de la Facultad de Filosofía y Letras y de la de Ciencias Políticas! Espero que en su próximo editorial Carlos extienda su análisis sobre la preocupante fuga de fusiles que sufre nuestro país y como se encuentra esta en comparación a la fuga de cerebros (la cual probablemente engrosaré yo en unos cuantos meses).

Por último, y ya que está de moda validar tesis complejas con casos anecdóticos (como la homeopatía!!!!!) quisiera comentar sobre su anecdota de la "unica conferencia que dicté en uno de los auditorios de la UNAM". Aunque desafortunadamente no nos informa de la facultad y el nivel de los alumnos a los que dictó su conferencia donde " Yo les hablaba de liderazgo empresarial, y les puse ejemplos de Bimbo o Sabritas." y "recuerdo que los estudiantes me escuchaban con cara de no entiendo nada, como si les estuviera hablando de otro planeta." yo teno una hipótesis de las razones que llevaron a esto. Como es conocimiento público estudio el doctorado en el Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM que es el lugar donde se imparte la Licenciatura en Ciencias Genómicas. Hace unos años cuando apenas había ingresado la segunda o tercera generación se presentó en el auditorio una conferencia de la IBM que se llamaba el "innovation Tour" (Esta es la única referencia que encontré actualmente y ahí explican de que se trata. Es la actividad de las 9 am). Mi tutor de doctorado era coordinador de la licenciatura en esa época y cuando nos lo platicó como se lo habían platicado a el sonaba muy interesante: Investigadores de IBM iban a conversar con nosotros y además eramos la unica presentación en una universidad pública. El día de la presentación el auditorio tenía una audiencia aceptable de alumnos de licenciatura y de posgrado y ante nosotros estaban dos investigadores de IBM de origen latino y el director de IBM Guadalajara o algo así (Ya casi cumplo 30 mi meoria falla). Desafortunadamente el ambiente de expectación que había fue cambiando conforme pasó el tiempo a lo que Carlos define como "me escuchaban con cara de no entiendo nada, como si les estuviera hablando de otro planeta". Pórque paso esto? porque a pesar de todas las patentes que desarrollaron los dos investigadores no vinieron a hablar de ciencia con nosotros, venían a hablarnos de lo importante que era la inovación, como debíamos buscar la inovación y a transmitirnos un mensaje de superación de dos latinos que habían sobresalido en IBM. Frente a ellos estaban alumnos de licenciatura que se habían aventurado en una carrera de reciente creación con una clara definición cientifica y alumnos de doctorado que se dedicaban activamente a la investigación y todo lo que tenían preparado era un seminario de motivación. La charla no prospero nada, ellos esperaban una activa participación en una lluvia de ideas de como la inovación debía estar presente en nuestras vidas y todo lo que obtenían eran cuestionamientos sobre algoritmos para predecir el plegado de proteínas y bases de información biológica. La sala se fue vaciando y la conferencia terminó de forma gris con un sentimiento de confusión flotando en el ambiente.
El problema no fué que los conferencistas fueran malos o que los malvados alumnos de la UNAM hubiesemos boicoteado el seminario porpagandista de la imperialista transnacional extranjera. El problema fué que no eramos el target ideal para ella, simplemente no esperaban encontrar alumnos que usan las computadoras para encontrar origenes de transcripción o ensamblar genomas. Prometieron volver con los científicos mas dedicados al area biológica y bioinformatica pero nunca lo hicieron, supongo que es mas rentable traer a dos personas que imparten una conferenca generica en decenas de universidades que conferencistas científicos para 6 ó 7 universidades públicas. A lo mejor eso mismo le pasó al señor Mota, a lo mejor dió la conferencia a economistas teoricos o a ingenieros petroleros a los que su conferencia genérica y desuperación les quedo pequeña pues esperaban un acto académico de transmisión de conocimiento. O peor aún, le pasó lo que puede pasarle a cualquier conferencista en la UNAM y confundió las caras de "no le creo nada" y de "podría haber otra explicación" con las de "no entiendo nada". El ego puede tener un fuerte impacto en la interpretación!

miércoles, marzo 12, 2008

Resultados Concluyentes

En la imagen están los resultados de mi segundo experimento cualitativo. Es una caja de petri donde estan creciendo colonias de bacterias con 3 diferentes construcciones genéticas. Claramente la colonia de hasta arriba es azul mientras que las dos de abajo son blancas. Este es el resultado predicho por todos los demas experimentos que hice en el doctorado y el que dejará contestadas las dudas del revisor de mi artículo. Ahora bien, en la ciencia no es muy valido poner una foto y decirles que se ve clarito que una es azul y otra no, tenemos que dar datos duros y comparables que demuestren nuestras conclusiones. Ahora voy a empezar el experimento que me va a decir cuantas veces es mas azul la colonia de arriba.

No concluyentes

Los resultados de mi experimento cualitativo no son concluyentes, el resultado no es obvio y punto. Aunque ahora lo estoy repitiendo con las celulas un poco mas crecidas ya inicié el experimento cuantitativo que es el que da los datos duros. No es la primera vez que el cualitativo no me dice nada y casi siempre el cuantitativo aclara todo. Esperemos que esta vez así sea...

viernes, marzo 07, 2008

1 mes

Un mes después de haber iniciado la construcción de mis fusiones transcripcionales he obtenido evidencia experimental de que están listas. Hubiera tardado menos, pero se acabó el plásmido intermediario y una ezima de restricción y tuve que esperar a que las surtieran. El dia de hoy dejé todo listo para organizar una orgía bacteriana con la cuál moveré mis fusiones de E. coli a R. etli y tres días después haré el primer experimento cualitativo que servirá saber en donde estamos parados. Espero que mi promotor se localice en donde 5 años de resultados experimentales predicen que estará, pero como todo biólogo experimental sabe: Life happens....
espero que no "happens to me" pa que ya se acaben los posts crípticos.
En la imagen que acompaña este post el resultado de un PCR que sirvió para comprobar la correcta clonación de mis fusiones. Las 6 primeras lineas son las muestras experimentales, la séptima y novena son los controles que, junto con el tamaño de las rayitas mas pequeñas que estan en mis muestras experimentales, confirma ue mis fragmentos se clonaron en el vector indicado en la dirección indicada. Además hice una digestión que re-afirma este resultado y ya entrados en gastos secuencié nomas pa estar 100% seguro ;)